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接种后的菌料袋先在浓石来水中浸一下拿出来培养，以防料袋某些小孔眼或裂缝造成污染。香菇菌袋培养室要尽量做到干净、无菌、无虫害。新菇房除打扫干净外，墙壁四周和地板喷刷一层浓石灰水，门口门里撒一层石灰粉，床架也要用石灰水粉刷一次。旧菇房则要求对四周墙壁、地板加水喷湿，并加湿处理，造成高湿条件，这样可诱导附着在周围的杂菌孢子、厚垣孢子等萌发成菌丝体，害虫也能从休眠中苏醒活动，然后用灭菌剂熏蒸，杀虫剂喷洒。
菌袋排放发菌不能重叠太多，在没有床架情况下（以有床架为好），可以“井”字形排列8-12层，约 1米 高，利于发菌期间生物热能的散发，防止料温过高。这期间不能压着接种穴，以免影响勇气和菌丝的萌发。发菌头5天内不得搬动或翻动料袋，以免影响菌丝体的吃料和萌发。
一、发菌阶段管理
当菌料袋接种第6天，可将菌种穴木钉分次取出，以利透气，促使菌丝加速生长。
1、菌袋温度控制：菌袋温度控制在适当的范围内，有利于产生优质菇。香菇菌生长最适温度为24-26℃ 。最低温度为 5℃ 。最高温度为 35℃ ，料温比室温高3-5℃ 。为了产生优质菌丝体，在菌丝生长阶段最好料温控制在24 -26℃ 。
2、变温培养：在自然条件下变温培养能达到菌丝抗逆能力增强，并得到优质香菇子实体。
3、注意通风降温：秋初高温季节生产香菇，当培养料接种菌种后，呼吸作用增强，易产生生物热能，此时需将培养室温度控制在比一般室温低3 -5℃ 不好，特别要注意前期控制好料温。因此，可根据室温和料温情况，每天开窗通风1-2次，结合疏袋工作，减少叠袋层次，达到降温目的。在搬动中注意轻拿轻放，以防料袋破损。
4、发菌后期管理：当菌丝长满料袋后，必须把温度上升到27 -30℃ ，这样可以加速对木质素的分解，确保菌丝积累充足的养分，以促进菌丝的生理成熟。
当菌料袋培养5-7天后，要上、下、左、右翻堆一次，以后隔几天翻动一次，使料温趋于一致，受光均匀，同时检查污染情况。开始发现有个别袋有污染时，可采有75%酒精加40%甲醛，注射于污染和培养料交界处，可控制杂菌继续蔓延，后期发现污染，要及时将污染袋销毁。
二、菌丝成熟阶段管理
香菇菌丝长满袋后不能立即出菇，只有让菌丝体继续分解培养料中的木质素等营养成分，使菌丝达到生理成熟，才具备产生优质香菇子实体的先决条件。当菌丝长满袋后，可将室温升高2 -3℃ ，有利于菌丝体的生理成熟。生理成熟时间长短，除环境条件外，也因品种不同而异。早熟种一般从接种到收获约需60天，中熟种需80-100天。成熟的主要标志是袋壁四周菌丝体膨胀、皱褶、隆起的肿和松软感，在接种穴周围出现微棕褐色等症状，则表明已达到生理成熟，菌丝体则由营养生长转入生殖生长阶段。这时可以将菌料袋移到出菇场所脱袋转色出菇。
三、菌料袋脱袋与转色
香菇料袋达到生理成熟后，可以排场出菇。先脱出塑料袋，可用双面刀片或锋利小刀，将塑料膜轻轻划破后，小心揭去薄膜，准备场或排架。
1、畦架安排和料袋排放：菇场安排在室外，畦宽要注能排放5-8个菌料袋，每袋间有2-3厘米间隙，长度可因地制宜，因菌袋数量而定，以便于管理为原则。若菇场安排在室内，要求架间距2-3厘米。排畦或排架时与料袋夹角成70度至80度为宜。放置好后，要防止失水太多，每排完一畦或一架必须用干净的塑料膜立即罩起来。如采用地下室出菇，考虑到其保温性能较好，可以免去每畦罩上塑料膜。
2、菌袋转色管理：香菇转色因品种对环境条件的求不同而异，转色最理想的温度为18 -24℃ ，因此转色期一定要控制好温度。转色要有充分的散射光，较理想的光照强度是100勒克斯，完全黑暗不能转色。转色期的空气相对温度以80-90％为宜。
菌料筒脱袋后3-5天内，尤其是遇到 25℃ 高温，应立即罩上塑料膜;5-6天后菌筒上长出一层浓白色菌丝时，可以加大菌筒表面的湿度，增加翻动菌筒次数，多揭几次塑料膜，以增加菌筒与空气、光线接触的机会，使绒毛状菌丝倒伏并分泌色素，这时菌筒表面形成一层薄薄的棕约色具有光泽的菌膜。在转色过程中，会出现棕色积水，这是快出现子实体的象征，要立起菌快让其出菇，并主动让积水流出，当棕色积水太多时，要加强通风透气，或用干净的棉布或脱脂棉擦干积水，以防污染。
