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1、双孢菇基料的处理原则：营养均衡、科学发酵、腐熟均匀、无病虫。
2、基料配方：麦草(或稻草)3000公斤、牛粪粉3000公斤、过磷酸钙60公斤、尿素40公斤、石灰粉80公斤、石膏粉80公斤、碳酸钙90公斤、赛百09药物1500克、食用菌三维营养精素(拌料型)1440克(12袋)。该配方最大限度地保证了基料营养的全面均衡，使得双孢菇菌丝健壮，生物转化量最大化。除上述原辅材料外，玉米芯、玉米秸、棉籽壳、菌糠、沼渣、鸡粪、猪粪等均可作为栽培原料。
3、原辅材料要求：所有原料均需新鲜、无霉变，麦秸、稻草在作物收获季节，即应趁天气晴朗时及时晒干，玉米芯粉碎；牛粪摊开，用耙子将牛粪搓、敲，使之很快呈碎粉状态，然后过筛一次，将1厘米以上粪块集中进行再次制碎，最后牛粪成粉；鲜鸡粪、猪粪等充分晒干，然后按10%比例加入生物发酵剂，进行堆积发酵，无发酵剂时，可加入2%石灰粉、2%过磷酸钙或钙镁磷肥，按粪水比1∶1左右加水拌匀，建堆发酵。约2～3周，粪堆中布满白色放线菌、体积重量比明显减轻、臭味大为降低时，即可摊开暴晒，晾干即可。石膏粉生、熟均可，但以生石膏价格合适；石灰粉应以生石灰加水分解后的新粉为好，时间过久、含水过高的也可使用，但应根据情况酌情增加用量。
4、发酵处理：
①预湿和建堆：将麦秸直接加水预湿，维持2天左右，使之充分泡透。稻草、玉米秸、玉米芯等亦如此处理；棉籽壳、菌糠废料，可在堆发酵前2～4小时加水拌匀即可。
除三维精素外，全部原辅材料进行建堆发酵。方式是一层草料、一层牛粪(鸡粪等)及辅料，层层堆叠。一般建堆时，牛粪应有剩余，不要全部铺于料中，应在料堆顶部用牛粪顺堆长堆起一尖顶，使之挡雨、挡料堆热量上升散发过多。温度计插入料堆1米高度处的料内40厘米左右，用以监测料温。
②一次性发酵：自建堆之日算起，每天翻堆1次，共翻5次，目的是改变料堆中各发酵区域的位置，尤其使边料、底料、顶料等上一次发酵过程中温度处于偏低水平的基料，经翻堆后进入高温发酵区域接受高温，得到充分地发酵，并由此改变其理化性状，使营养得以有效的分解和转化。翻堆的方法：提前数小时对料堆喷水，使边缘草料得以充分吸水。翻堆时先将堆顶牛粪扒下来；从料堆的一端开始，先将边料取下，将堆内高温区料做新料堆的底部和顶部，将边料、底料、顶料翻入新料堆的中部位置。建新堆的程序仍同第一次建堆，将牛粪按层铺上，值得注意的是，在翻堆过程中，原料堆中的牛粪等辅料已很难完全取出再重新铺层，因此，只有尽量均匀地使之分布在各料层中。翻堆时应从第二层时开始适当补水，每层补水量视原料的含水而定，以湿透而不渗流为宜，以免营养流失。第二次翻堆方法同上。第三次翻堆时，用800倍辛硫磷溶液，在每层料中均匀喷入，用量为每1000公斤干料50公斤左右，以驱杀侵入料堆中的害虫。最后一次翻堆时，调整基料含水率，并将三维精素均匀喷入，2天后摊开降温，并调配含水率至65%左右、pH值8左右，冷却至30℃以下或常温，即可进棚铺料播种。
